La memorizzazione dei valori enum in MongoDB come stringhe va benissimo e sì, se si indicizza il campo mi aspetto che le prestazioni siano paragonabili alle query intere indicizzate. È sicuramente più espressivo rispetto all'utilizzo di numeri interi.
L'unico vero svantaggio è che occuperanno più spazio se le tue stringhe enum sono piuttosto lunghe, ma questa è una preoccupazione piuttosto banale.
