La query nativa JPA ottiene un oggetto singolo

Con JPA devi fare come seguire

int num = ((Number)this.entityManager.createNativeQuery("select count(*) from your_table_name")
                .getSingleResult()).intValue();

modificato :

 String name = this.entityManager.createNativeQuery("select t.name from your_table_name t limit 1").getSingleResult().toString();

avrai il conteggio con num oggetto

Spero che ti sarà d'aiuto.