Crea una tabella temporanea (contenente solo i valori value1 e value2) e compilala in blocco (ad esempio, puoi potenzialmente farlo con una singola istruzione di inserimento). Quindi esegui un aggiornamento utilizzando un join tra la tua tabella esistente e la tabella temporanea.
Qualcosa come
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;