Come aggiornare un particolare elemento dell'array in MongoDB

Puoi utilizzare $ posizionale per identificare il primo elemento dell'array che corrisponda alla query nell'aggiornamento in questo modo:

db.VariantEntries.update({
    "pos": 17060409,
    "sampleID": "Job1373964150558382243283", 
    "information.name":"Category"
},{
    $set:{'information.$.value':'11'}
})