Prova la seguente query:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
Troverà il documento con il _id specificato e rimuovi il telefono +1786543589455 dal suo contact.phone matrice.
Puoi usare $unset per annullare l'impostazione del valore nell'array (impostarlo su null ), ma non per rimuoverlo completamente.