Non ho visto una risposta e oggi ho avuto la stessa domanda.
Puoi eliminare il database prima con:
use <db>
db.dropDatabase()
Oppure puoi eliminare la raccolta solo con:
db.<collection>.drop()
Il problema con il tuo comando potrebbe essere che manca qualcosa, come il database su cui ti autentichi o l'utente o forse un'altra cosa.
Nella mia configurazione funziona
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Se il tuo dump è stato compresso in anticipo, puoi aggiungere il flag --gzip alla fine.
Puoi trovare tutto ciò nella documentazione per eliminare un database o nella documentazione di eliminare un intero database. Ma per favore sii prudente con esso.