Dovrai farlo tu stesso nel codice dell'applicazione, interrogando il documento e scorrendo tutti i tuoi documenti nidificati; e poi salvalo di nuovo in MongoDB.
Per prevenire condizioni di gara con questo, dai un'occhiata alla sezione confronta e scambia su http://www.mongodb.org/display/DOCS/Atomic+Operations
Attualmente è disponibile un ticket aperto per aggiungere questa funzionalità a MongoDB. Potresti volerlo votare:https://jira.mongodb.org/browse/ SERVER-1243