È necessario utilizzare l'operatore $ per aggiornare un documento secondario in un array
Utilizzo di contacts.$
punterà mongoDB per aggiornare il documento secondario pertinente.
db.users.update({_id: ObjectId("5500b5b8908520754a8c2420"),
"contacts._id": ObjectId("550199c6fe544adf50bc291e")},
{"$set":{"contacts.$":myNewDocument}})
Non sono sicuro del motivo per cui stai modificando l'_id
del documento secondario. Non è consigliabile.
Se vuoi modificare un campo particolare del documento secondario, usa contacts.$.<field_name>
per aggiornare il campo particolare del documento secondario.