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Come aggiornare un documento secondario in mongodb

È necessario utilizzare l'operatore $ per aggiornare un documento secondario in un array

Utilizzo di contacts.$ punterà mongoDB per aggiornare il documento secondario pertinente.

db.users.update({_id: ObjectId("5500b5b8908520754a8c2420"), 
  "contacts._id": ObjectId("550199c6fe544adf50bc291e")}, 
 {"$set":{"contacts.$":myNewDocument}})

Non sono sicuro del motivo per cui stai modificando l'_id del documento secondario. Non è consigliabile.

Se vuoi modificare un campo particolare del documento secondario, usa contacts.$.<field_name> per aggiornare il campo particolare del documento secondario.