A partire da MongoDB v 3.2 puoi utilizzare bitsAllSet o bitsAnySet a seconda di cosa stai cercando.
Quindi, con il driver C# MongoDB:
//Check single Flag as OP
collection.Find(Builders<MyEntity>.Filter.BitsAllSet(myEntity => myEntity.Flags, (long) MyFlags.AFlag));
//Check all multiple Flags
collection.Find(Builders<MyEntity>.Filter.BitsAllSet(myEntity => myEntity.Flags, (long) MyFlags.AFlag | MyFlags.BFlag));
//Check any multiple Flag
collection.Find(Builders<MyEntity>.Filter.BitsAnySet(myEntity => myEntity.Flags, (long) MyFlags.AFlag | MyFlags.BFlag));
Nota :c'è un problema aperto per utilizzare indici su operazioni Bitwise. Su MongoDB 4.2 non li usano ancora, quindi fai attenzione se hai intenzione di usarli in modo massiccio (noi eravamo e abbiamo dovuto rifattorizzare tutto in seguito).