Passa in rassegna tutte le raccolte Mongo ed esegui query

C'è il db.getCollectionNames() metodo di supporto che fa questo per te. Puoi quindi implementare il tuo codice:

db.getCollectionNames().forEach(function(collname) {
    // find the last item in a collection
    var last_element = db[collname].find().sort({_id:-1}).limit(1);
    // check that it's not empty
    if (last_element.hasNext()) {
        // print its timestamp
        printjson(last_element.next()._id.getTimestamp());
    }
})

Probabilmente vuoi anche un .hasNext() fai il check-in lì per provvedere a possibili collezioni vuote.