Non sono sicuro che sia un modo corretto di farlo, inviare un kill potrebbe probabilmente causare danni al tuo server mongo e dovrai riparare il tuo database in caso di arresto anomalo.
Forse hai già risolto questa domanda, ma ecco cosa faccio:
mongo admin --eval "db.shutdownServer()"
Sono automaticamente connesso alla raccolta dell'amministratore e poi devo solo eseguire l'estinzione.
Ecco il link ufficiale su come fermare correttamente Mongodb:http://api.mongodb.org/wiki/current/Starting%20and%20Stopping%20Mongo.html
Il migliore