Nella maggior parte dei casi, probabilmente non vuoi creare più raccolte, ma utilizzare invece una raccolta e inviarne visualizzazioni ai clienti in base alla loro sottoscrizione.
Potresti voler controllare il pacchetto https://github.com/mizzao/meteor-partitioner che ho creato, progettato appositamente per questo scopo e include un esempio su come farlo per più chat room. Puoi anche vedere https://github.com/mizzao/CrowdMapper per un esempio implementato.