Mongoose, aggiorna i valori nell'array di oggetti

Sei vicino; dovresti usare la notazione punto nell'uso del $ aggiorna l'operatore per farlo:

Person.update({'items.id': 2}, {'$set': {
    'items.$.name': 'updated item2',
    'items.$.value': 'two updated'
}}, function(err) { ...