Puoi utilizzare l'API dell'oggetto di gestione di SQL Server (consulta l'attività "creazione, modifica e rimozione di database"):
var srv = new Server();
var db = new Database(srv, "mydb");
db.Create();
Le informazioni su come iniziare sono qui. Durante l'installazione del server SQL è necessario installare l'SDK client, gli assembly SMO si trovano in C:\Programmi\Microsoft SQL Server\100\SDK\Assemblies
Oppure, se non desideri la dipendenza da questi assembly, puoi anche eseguire semplicemente istruzioni DDL utilizzando ADO.Net (ad esempio, vedi questa domanda):
using (var connection = new SqlConnection(myConnectionString))
{
connection.Open();
var command = connection.CreateCommand();
command.CommandText = "CREATE DATABASE mydb";
command.ExecuteNonQuery();
}
Ovviamente è necessaria una stringa di connessione corretta:istanza del server sql nota e un utente con autorizzazione CREATE DATABASE.