Ho riscontrato esattamente lo stesso comportamento:
Uso sia Oracle XE che MS SQL Server Express sul mio PC Windows 7 a 64 bit - ho aggiornato a java 1.6.0_29 da 1.6.0_27 (la versione x64) e sono rimasto sorpreso di vedere che gli stessi programmi erano in grado di connettersi a Oracle XE ma non su MS SQL Server...
Ho rintracciato il problema in javax.sql.DataSource.getConnection()
dove era sospeso per sempre - poiché questa è solo un'interfaccia, i driver jdbc hanno sollevato il mio sospetto...
Sto usando il driver JDBC di MS SQL Server 3.0.1301.202 e ho persino aggiornato a SQL Server CTP (l'"anteprima tecnica della community") 4.0.1722.1 perché il mio sospetto era che avesse qualcosa a che fare con il driver jdbc, ma senza successo :ancora sospeso!
La mia soluzione consisteva nel downgrade a 1.6.0_27 e -- bang:tutto era di nuovo a posto!
cordiali saluti Erich