Non puoi fare riferimento a un alias al di fuori di SELECT e ORDER BY a causa del modo in cui viene analizzata una query. Una soluzione alternativa tipica consiste nel seppellirlo in una tabella derivata:
SELECT
FirstName, LastName, Other,
Flag = CASE WHEN Other IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END
FROM
(
SELECT FirstName, LastName,
CASE WHEN LastName = 'Jones'
THEN 'N/A'
END AS Other
FROM dbo.table_name
) AS x;