Bene $company->employees restituisce una raccolta, ->id non è una proprietà nella raccolta, ecco perché viene visualizzato l'errore.
Se vuoi recuperare un array contenente tutti gli ID dei tuoi dipendenti puoi farlo:
$company->employees()->lists('id');
Se stai leggendo questo e stai usando laravel ^5.3.* allora la risposta sarebbe:
$company->employees()->pluck('id');
Ciò restituirebbe una raccolta con tutti gli ID, se vuoi che sia un array puoi concatenare ->toArray() dietro.
