Dai un'occhiata a Questo post in InnoDB è necessario eseguire una scansione completa della tabella, dove come in MyISAM è una lettura dell'indice.
Se utilizzi un where
clausola anche se cambia il modello di esecuzione per utilizzare gli indici, quindi in generale InnoDB sarà più lento di MyISAM con conteggi illimitati, mentre le prestazioni corrispondono a conteggi limitati.