Mysql
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Mysql group_concat limita le righe nel raggruppamento

MySQL non semplifica questo tipo di query, ma una soluzione (certamente non molto carina) consiste nell'utilizzare una variabile per assegnare a ogni riga un numero di sequenza per destinazione e semplicemente raggruppare per il numero di riga intero diviso per 2 per ottenere due numeri in ogni gruppo;

SELECT dest, GROUP_CONCAT(port ORDER BY rank) ports
FROM (
  SELECT dest, port, ( 
      CASE dest WHEN @curDest 
                THEN @curRow := @curRow + 1 
                ELSE @curRow := 1 AND @curDest := dest END) rank
  FROM tb_port a
  JOIN tb_rule c ON a.id = c.id_port
  JOIN tb_dest b ON b.id = c.id_dest, 
    (SELECT @curRow := 0, @curDest := '') r
  ORDER BY dest
) z
GROUP BY FLOOR(rank/2),dest
ORDER BY dest, MIN(rank)

Un SQLfiddle con cui testare .