MySQL non semplifica questo tipo di query, ma una soluzione (certamente non molto carina) consiste nell'utilizzare una variabile per assegnare a ogni riga un numero di sequenza per destinazione e semplicemente raggruppare per il numero di riga intero diviso per 2 per ottenere due numeri in ogni gruppo;
SELECT dest, GROUP_CONCAT(port ORDER BY rank) ports
FROM (
SELECT dest, port, (
CASE dest WHEN @curDest
THEN @curRow := @curRow + 1
ELSE @curRow := 1 AND @curDest := dest END) rank
FROM tb_port a
JOIN tb_rule c ON a.id = c.id_port
JOIN tb_dest b ON b.id = c.id_dest,
(SELECT @curRow := 0, @curDest := '') r
ORDER BY dest
) z
GROUP BY FLOOR(rank/2),dest
ORDER BY dest, MIN(rank)
Un SQLfiddle con cui testare .