Le istruzioni DDL causano un commit implicito e non c'è nulla che tu possa fare al riguardo. Non c'è modo di fermare questo comportamento.
Quali istruzioni DDL hanno questo comportamento cambiano nel tempo, quindi devi verificare la tua versione.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Quando stiamo solo estendendo lo schema, nuove tabelle/colonne/viste/procs/ecc, che non influiranno sul codice esistente, l'automazione è OK, basta controllare gli errori e correggerli.
Quando influenzeranno il codice esistente, è necessario elaborare una strategia caso per caso. Dal momento che non esiste un rollback, è necessario il proprio piano di backout e è necessario testarlo a fondo.
Dato che è caso per caso, non c'è molto che posso offrire in termini di aiuto per la tua situazione particolare.
