Navicat è in grado di farlo per te. Sincronizzerà anche lo schema e/o i dati tra due istanze di database mysql. L'ho usato con successo in passato.
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql/mysql_overview .html
C'è uno screenshot dello strumento di sincronizzazione dei dati e della struttura qui:
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql /mysql_detail_mac.html#7
