mysqlhotcopy non funziona in alcuni casi in cui il readlock viene perso e non funziona con le tabelle INNODB.
mysqldump è più utilizzato perché può eseguire il backup di tutti i tipi di tabelle.
Dalla documentazione di MySQL
mysqlhotcopy è uno script Perl che è stato originariamente scritto e contribuito da Tim Bunce. Utilizza LOCK TABLES, FLUSH TABLES e cp o scp per eseguire rapidamente un backup del database. È il modo più veloce per eseguire un backup del database o di singole tabelle, ma può essere eseguito solo sulla stessa macchina in cui si trovano le directory del database. mysqlhotcopy funziona solo per il backup delle tabelle MyISAM e ARCHIVE. Funziona su Unix e NetWare
Il mysqldump client è un programma di backup originariamente scritto da Igor Romanenko. Può essere utilizzato per eseguire il dump di un database o una raccolta di database per il backup o il trasferimento a un altro server SQL (non necessariamente un server MySQL). Il dump in genere contiene istruzioni SQL per creare la tabella, popolarla o entrambi. Tuttavia, mysqldump può essere utilizzato anche per generare file in formato CSV, altro testo delimitato o XML.
Ciao.
