Anche se non sono favorevole al salvataggio di dati in questo modo, ecco cosa puoi fare, se davvero vuoi farlo in questo modo. Ti suggerisco di avere una tabella denormalizzata e di memorizzare i tuoi vals lì
nel tuo HTML puoi avere le tue caselle di controllo in questo modo (considerando che stai memorizzando ID di qualche tipo)
<input type="checkbox" name="ids[]" value"1" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"24" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"56" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"100" />
Sul lato php puoi usare la funzione implode per formare id in una stringa come mostrato di seguito (considerando che stai facendo un POST)
$ids = implode(",",$_POST["ids"]);
Dove leggi dal database puoi trasformare il valore da db in un array come questo
$ids_array = explode(",",$row->ids);
Spero che questo aiuti