È possibile aggiungere un server MySQL in SQL Server come server collegato.
Una volta impostato, puoi eseguire query utilizzando OPENQUERY in questo modo:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA