Il tuo problema di prestazioni è molto probabilmente causato dal join con la tabella 'term_taxonomy'.
Tutti gli altri join sembrano utilizzare la chiave primaria (su cui probabilmente hai indici funzionanti).
Quindi il mio suggerimento è di aggiungere un indice composto su term_taxonomy_id e term_id (o se devi:tassonomia ). In questo modo:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Spero che questo ti aiuterà.
