Come popolare il secondo elenco a discesa in base alla selezione del primo elenco a discesa utilizzando jQuery/AJAX e PHP/MySQL?

Innanzitutto, il tuo documento pronto sembra un po' fuori luogo, dovrebbe essere $(document).ready(function(){}); oppure potrebbe essere solo $(function(){}); .

In secondo luogo, anche il ciclo del risultato JSON sembra un po' strano. Prova invece qualcosa del genere:

$.each(data.subjects, function(i, val){    
   $('select#item_2').append('<option value="' + val.id + '">' + val.name + '</option>');
});