Ho avuto lo stesso problema del titolo di questa domanda, quindi se qualcun altro cerca su Google questa domanda e vuole avviare MySql in modalità "skip-grant-tables" su Windows, ecco cosa ho fatto.
Arresta il servizio MySQL tramite Strumenti di amministrazione, Servizi.
Modifica il file di configurazione my.ini (assumendo percorsi predefiniti)
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
o per la versione MySQL>=5.6
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
Nella SEZIONE SERVER, sotto [mysqld], aggiungi la seguente riga:
skip-grant-tables
in modo da avere
# SERVER SECTION
# ----------------------------------------------------------------------
#
# The following options will be read by the MySQL Server. Make sure that
# you have installed the server correctly (see above) so it reads this
# file.
#
[mysqld]
skip-grant-tables
Riavvia il servizio e dovresti essere in grado di accedere al tuo database senza password.
