Probabilmente devi cambiarlo sia per il client (che stai eseguendo per eseguire l'importazione) CHE per il demone mysqld che è in esecuzione e accetta l'importazione.
Per il client, puoi specificarlo sulla riga di comando:
mysql --max_allowed_packet=100M -u root -p database < dump.sql
Inoltre, modifica il file my.cnf o my.ini (di solito si trova in /etc/mysql/) nella sezione mysqld e imposta:
max_allowed_packet=100M
oppure potresti eseguire questi comandi in una console MySQL connessa allo stesso server:
set global net_buffer_length=1000000;
set global max_allowed_packet=1000000000;
(Utilizzare un valore molto grande per la dimensione del pacchetto.)