Ho avuto un problema simile e l'ho risolto controllando i thread in esecuzione. Per vedere i thread in esecuzione usa il seguente comando nell'interfaccia della riga di comando di mysql:
SHOW PROCESSLIST;
Può anche essere inviato da phpMyAdmin se non hai accesso all'interfaccia della riga di comando di mysql.
Questo visualizzerà un elenco di thread con ID corrispondenti e tempo di esecuzione, così puoi KILL i thread che stanno impiegando troppo tempo da eseguire. In phpMyAdmin avrai un pulsante per fermare i thread usando KILL, se stai usando l'interfaccia a riga di comando usa semplicemente il comando KILL seguito dall'id del thread, come nell'esempio seguente:
KILL 115;
Ciò interromperà la connessione per il thread corrispondente.
