Innanzitutto, assicurati di avere una tabella denominata in questo modo:
select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';
`user´ è una parola chiave riservata, quindi è necessario citare il nome della tabella con i backtick.
UPDATE
MyDatabase.`user`
SET
MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
MyDatabase.`user`.id = 3;
Quando anche il nome del database necessita di virgolette, non includere sia il nome del database che il nome della tabella.
Questo è sbagliato:
`databasename.tablename`
Questo è vero:
`databasename`.`tablename`