Dato che hai cambiato la porta utilizzata da MySQL, devi informare phpMyAdmin - e tutte le altre tue applicazioni - di questa modifica.
Per phpMyAdmin, modifica o aggiungi una riga come $cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007';
Dato che stai eseguendo due istanze MySQL, puoi connetterti a entrambe da phpMyAdmin; adattato dal wiki :
<?php
$cfg['blowfish_secret']='0987654321'; //any string of your choice (max. 46 characters)
$i = 0;
$i++; // server 1
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Production server';
$i++; // server 2
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007';
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Development server';
A proposito, preferisco il "cookie" auth_type per alcuni motivi; può fornire una migliore segnalazione degli errori se qualcosa va storto durante la connessione, semplifica il passaggio tra utenti e server e non mi piace la finestra di dialogo modale che il mio browser presenta per l'autenticazione di base http. Naturalmente, puoi usare quello che preferisci.