Puoi configurare più istanze di mysql ma per la tua situazione è meglio creare database diversi all'interno della stessa istanza.
Puoi creare database e quindi aggiungere utenti che hanno accesso solo per manipolare il database che gli viene fornito e nient'altro.
Essenzialmente la gerarchia è la seguente:
Mysql (root or any other super user can see everything)
- Your DB
- Your Users
- Your tables/functions/Procedures/etc
- Their DB
- Their Users
- Their tables/functions/procedures/etc.
Fondamentalmente separi l'accesso per ciascuno e in PHPMyAdmin è molto semplice. I passaggi sono:
- Aggiungi database )
- Aggiungi utente, limitandolo a quel database consentendo solo i privilegi che vuoi concedere a quell'utente e solo a quel database. (Guida qui )