Le chiavi esterne in MyISAM sono solo a scopo di consulenza. Puoi esaminarli per vedere dove sarebbe l'integrità referenziale essere, se ce ne fossero. È più facile comprendere lo schema in questo modo che indovinare le relazioni osservando gli indici creati come effetti collaterali.
Non so perché scomparirebbe in phpMyAdmin, a meno che non si tratti di un problema di configurazione (credo che la visualizzazione possa essere disabilitata)?