La tua domanda sembra essere corretta. Il tuo problema sembra essere un problema di prestazioni, non un problema di logica. Dovrai assicurarti che sia il tuo emailaddress e id i campi sono indicizzati correttamente nel database, altrimenti con quasi un milione di righe, mi aspetto che la tua query si blocchi.
(Direi che id è probabilmente già indicizzato, ma non emailaddress . Soprattutto con un join tra tabelle, se uno di questi campi non è indicizzato, osserverai MOLTE scansioni di tabelle complete.)
Modifica:
Vedendo il tuo commento che questo è il caso, puoi seguire la documentazione su http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/create-index.html per la creazione di indici. Quindi qualcosa come:
CREATE INDEX email_index ON emaildata(emailaddress) USING BTREE;
