Sì, il problema erano i vecchi file:
ib_logfile0, ib_logfile1, ibdata1.
Si dovrebbe anche eseguirne il backup, chiudere WAMP, copiare, incollare e rimuovere quelli generati dall'installazione. Dopodiché phpMyAdmin riconosce le tabelle che avevamo prima della reinstallazione di WAMP!