phpMyAdmin non può esportare il database

non dovresti usare phpmyadmin per questo, dovresti usare mysqldump. dalla riga di comando è

mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export

da uno script php

$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);

questo è facile da automatizzare con un cronjob