Vorrei spiegare in modo da poter vedere cosa fa mysql. Questo darebbe una buona indicazione su quante righe vengono utilizzate.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
potresti anche usare un altro browser o un'altra sessione per usare show processlist per vedere come viene eseguita la query.