Sembra abbastanza probabile, dato l'uso dei punti di sospensione nell'elenco dello schema, che ci siano più proprietà di isDeleted sotto i metadata proprietà. Quindi il tuo oggetto dovrebbe essere:
var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };
Il motivo è che altrimenti la query cerca un documento con "esattamente" e "solo" le proprietà denominate sotto i metadata chiave:
var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };
E quando non è così, ovviamente non c'è corrispondenza.
