Puoi utilizzare il nuovo positional identifier per aggiornare più elementi nell'array in 3.6.
Qualcosa come
db.coll.update( {_id:235399}, {$unset: {"casts.crew.$[].withBase":""}} )
$[] rimuove tutto il withBase proprietà dal crews Vettore. Agisce come segnaposto per aggiornare tutti gli elementi nell'array.
Usa multi true per influenzare più documenti.