In base alla tua eccezione, l'area problematica si trova all'interno di dove stai facendo Where dichiarazioni.
Come ho detto nel mio commento. Prova a fare:
var v = collection.AsQueryable<Company>().Where(cpy => cpy.Dealers.Any(dlr => dlr.Stores.Count == 1));
Al momento stai facendo qualcosa del tipo:
var dealers = collection.AsQueryable<Company>().Select(cpy => cpy.Dealers);
var dealersWithStores = dealers.Where(dealer => dealer.Stores.Count == 1);
Stai quindi controllando se ci sono any rivenditori con negozi chiamando il conteggio e controllando se è più di 0 per ottenere il tuo bool nel dove. Tutto questo equivale a chiamare IEnumerable.Any() . Vedi se funziona? :)