Dipende dal tipo di dati della tua variabile città. Se la variabile city è di tipo BsonValue è possibile utilizzare ?? direttamente dall'operatore:
BsonValue city = null;
var query = Query.EQ("city", city ?? BsonNull.Value);
Console.WriteLine(query.ToJson());
Se la tua variabile city è di tipo string hai bisogno di un cast di conversione aggiuntivo per rendere felice il compilatore:
string city = null;
var query = Query.EQ("city", (BsonValue)city ?? BsonNull.Value);
Console.WriteLine(query.ToJson());