Penso che tu stia parlando di driver, non di PHP stesso. PHP non ha il supporto integrato per accedere a \Mongo* classi fino a quando non si compila e si carica l'estensione speciale.
Dato che stai parlando dell'ultima versione di MongoDB, penso che non potresti usare alcune parti delle sue funzionalità perché avevi un vecchio driver (diciamo, 1.2.12). Quando hai aggiornato PHP, probabilmente hai aggiornato anche il driver all'ultima versione stabile (1.3.0). Quella versione del driver è stata inviata un paio di giorni fa e supporta tutte le ultime funzionalità fornite da MongoDB.
Ad ogni modo, se desideri controllare quale versione di driver hai, puoi chiamare phpinfo(8) dal tuo PHP e cerca l'output per mongo sezione, dove viene visualizzata la versione del driver.
