Sembra non essere possibile rinominare un campo all'interno di un array dalla riga di comando come ha risposto a questa domanda:
MongoDB rinomina il campo del database all'interno dell'array
Tuttavia, è possibile modificare questi valori tramite RockMongo come suggerito dall'utente Liad Livnat.
Per la mia istanza particolare, mentre lì ho anche rimosso l'array e modificato la struttura in:
{
"field1": "value 1",
"field2": {"subfield1": "value 2", "subfield2": "value 3"},
"field3": "value 4"
}
È stato quindi possibile interrogare questo oggetto con:
db.myCollection.find( {"field2.subfield2":"value 3"} );