MongoDB
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mongodb:usa documenti nidificati o raccolte separate con riferimenti

Tutto dipende dal caso d'uso, come la natura dei dati, la frequenza di lettura, i pattern di accesso ai dati, ecc.

Nel tuo caso, sembra che il "piccolo record di dati" dipenda dai dati dell'utente e non sia un dato autonomo. Poiché anche le dimensioni sono ridotte, è meglio incorporare i dati nella raccolta degli utenti.