Come accennato da m4gic e nelle domande che ha linkato (qui e qui ), MongoDB non supporta le eliminazioni a cascata. Nella tua situazione dovresti probabilmente creare un array nell'oggetto User e inserire i documenti figlio completi in quell'array invece di tenerli nella loro raccolta. In questo modo verranno eliminati insieme al genitore, perché ne fanno parte.