MongoDB controlla se l'id è un PHP BSON valido

http://php.net/manual/en/mongodb-bson -objectid.construct.php recita:

Quindi il controllo può essere una semplice espressione regolare:

if(preg_match('/^[0-9a-f]{24}$/i', $id) === 1) {
.....

Oppure, se preferisci attenersi al costruttore ObjectId e renderlo a prova di futuro, fallo con try-catch:

try {
    $user = $this->collection->findOne([
     '_id'=> new \MongoDB\BSON\ObjectId($id)
   ]);
   if(!$user){ return false; }
   return $user;
} catch() {}