MongoDB - Svolgi l'array usando l'aggregazione e rimuovi i duplicati

puoi usare $addToSet per farlo:

db.users.aggregate([
  { $unwind: '$data' },
  { $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);

È difficile darti una risposta più specifica senza vedere la tua vera domanda.