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Come correggere troppi errori di file aperti durante l'aggregazione di miliardi di record

Non esiste una risposta chiara per questo dato che stai facendo qualcosa di molto pesante, ma è disponibile una soluzione alternativa

ulimit è un comando in unix/linux che permette di impostare i limiti di sistema per tutte le proprietà.

nel tuo caso devi aumentare max. no. di file aperti contano o rendili illimitati sul lato più sicuro (è consigliato anche da MongoDB)

ulimit -n <large value in your case 1000000>

or 

sysctl -w fs.file-max=1000000

and

/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change 

fs.file-max = 1000000