No, non ci sono garanzie che questo tipo di race condition non si verifichi in node.js/MongoDB. Tuttavia, non ha nulla a che fare con node.js, e questo è possibile con qualsiasi database che supporti l'accesso simultaneo, non solo MongoDB.
Il problema è, tuttavia, più complicato da risolvere con MongoDB perché non supporta le transazioni come farebbe il tuo tipico database SQL. Quindi devi risolverlo nel tuo livello di applicazione usando una strategia come quella delineata nel ricettario MongoDB qui .
