La sintassi è diversa nel driver del nodo rispetto alla shell, che è la sintassi che stai utilizzando.
db.collection("collection_name").findAndModify(
{ _id: _id }, // query
[], // represents a sort order if multiple matches
{ $set: data }, // update statement
{ new: true }, // options - new to return the modified document
function(err,doc) {
}
);
Esiste una funzione separata per .findAndRemove()